Ho avuto lo stesso "problema" con il portatile, dove C è formattato con file system FAT32 e D con NTFS. Tanto per cominciare il fatto che la somma delle due partizione ti dia 110GB e non 120 è normalissimo. Infatti per ogni dispositivo in grado di memorizzare dati viene dichiarata una capacità.
Suddetta capacità è però teorica, perchè è la capacità del dispositivo non formattato.
Alla prima formattazione si determina la vera capacità del dispositivo.
Non è detto che le marche migliori si avvicinino maggiormente alla capacità dichiarata, ma sicuramente garantiscono maggiore affidabilità dei dati nel tempo.
In fatto di Hard disk io mi affiderei sempre a marche come Maxtor e non a Seagate. La prima ha una capacità reale inferiore alla seconda, ma ho avuto ben 2 hard disk della seagate che si sono bruciati dopo 3 anni di utilizzo, mentre ho un maxtor dal 95 e ancora funziona alla grande.
Più la memoria è grande più è distante il valore reale di storaggio, indipendentemente dal file system utilizzato.
Ora veniamo al FAT32. Sostanzialmente non cambia nulla. Avrai solo problemi a lavorare con file di grandi dimensioni (oltre i 3-4GB) (rallentamenti astronomici) e una peggior deframmentazione del disco nel tempo, man mano che si inseriscono cancellano aggiornano i dati.
Il FAT32 presenta però una maggior compatibilità con dispositivi portatili, quali fotocamere, cellulari, lettori mp3, che guardacaso sono tutti formattati in FAT32.
Addirittura alcuni cellulari, come N70 6600 sx1, riconoscono solo il FAT, manco il FAT32.
A parte questo, se tu non hai necessità di lavorare e fare montaggi video (presumo che il computer "incriminato" sia un portatile) non ti conviene convertire il file system in NTFS.
In caso tu volessi convertirlo, senza perdere nessun dato dal pc e senza reinstallare windows o cose varie, puoi tranquillamente usare partion magic 8, che ti converte il FAT32 in NTFS in un solo riavvio del pc.
Ma ripeto, io ho fatto così perchè ci devo lavorare con programmi particolari di grafica, altrimenti per un uso comune puoi tranquillamente affidarti al FAT32.
Spero di esserti stato d'aiuto.